İnstitutun yaranma tarixini Azərbaycan ЕА Neft ekspedisiyası nəzdində 1952-ci ilin mayında еlektromodelləşdirmə laboratoriyasının təşkil olunduğu vaxtdan hesablamaq olar. Neft ekspedisiyasının yenidən təşkili ilə əlaqədar olaraq laboratoriya 1956-cı ildə Elmlər Akademiyasının Fizika və Riyaziyyat, 1958-ci ildə isə Elmlər Akademiyasının Riyaziyyat və Mexanika institutunun tərkibinə daxil edilmiş və
Hesablama mərkəzi adlandırılmışdır.
50-ci illərin sonunda Respublikaya universal rəqəmli hesablama maşınlarının gətirilməsi hesablama üsulları və proqramlaşdırma sahələrində tədqiqatların aparılmasına təkan verdi, bu da öz növbəsində 1960-cı ildə Hesablama mərkəzinin Elmlər Akademiyasının tərkibində müstəqil təşkilata çevrilməsinə əsas yaratdı. Bu laboratoriya ölkəmizdə kibernetikanın və informatikanın inkişafına həlledici təsir göstərmişdir. 1965-ci ildə Hesablama mərkəzi əsasında Kibernetika İnstitutu yaradıldı. Xalq təsərrüfatında avtomatlaşdırılmış idarəetmə sistemlərinin yaradılması və tətbiqi məqsədilə 1971-ci ildə Kibernetika institutunun nəzdində təsərrüfat hesablı "Avtomatlaşdırılmış İdarəetmə sistemləri” şöbəsi yaradıldı (1982-ci ilin martında AİS şöbəsi müstəqil təşkilata, 2002-ci ildə isə İnformasiya Texnologiyaları İnstitutuna çevrildi). Kibernetika institutu "Respublika Avtomatlaşdırılmış İdarəetmə Sistemi”nin yaradılması (1977-1981) üzrə baş təşkilat təyin olunmuşdu.
1978-ci ilin yanvarında institutda işlənən cihaz və qurğuların təcrübi nümünələrinin yaradılması və tətbiqi üçün "Kibernetika” XKB-su təşkil edilmişdir. Təsərrüfat hesablı Büro indi də böyük uğurla fəaliyyət göstərir.
2014-cü ildə Nazirlər kabinetinin qərarı ilə institutun adı "İdarəetmə Sistemləri" institutu olaraq dəyişdirilmişdir.
İnstitut təşkil olunduğu vaxtdan 1965-ci ilə kimi texnika elmləri doktoru, professor Ələsgərov Səid Əmiraslan oğlu, 1965-1970-ci illərdə akademik Hüseynov Əşrəf İsgəndər oğlu, 1970-1988-ci illərdə akademik Allahverdiyev Cəlal Eyvaz oğlu rəhbərlik etmişlər. 1988-2020-ci illərdə institutun direktoru texnika elmləri doktoru, professor, "Şöhrət" ordenli əməkdar elm xadimi, akademik Əliyev Telman Abbas oğlu olmuşdur. 22.01.2021-ci il tarixdən etibarən institutun baş direktoru texnika elmləri doktoru, professor, akademik Abbasov Əli Məmməd oğlu, icraçı direktoru isə texnika elmləri doktoru, professor, AMEA-nın müxbir üzvü Sadıqov Əminağa Bəhmən oğludur.