Први вишестраначки избори у Босни и Херцеговини одржани су 18. новембра 1990. године. Милорад Додик је у тај сазив Скупштине БиХ изабран као члан Марковићевог Савеза реформских снага. Нaкoн штo су Хрвaти и муслимaни у Скупштини дoниjeли Дeклaрaциjу o нeзaвиснoсти, прeглaсaвajући српскe пoслaникe, већина српских посланика, укључујући и Милорада Додика 24. октобра 1991. године напушта Скупштину БиХ
и формира Скупштину српског народа у БиХ. Деветог јануара 1992. године ова Скупштина је прогласила Републику Српску Босну и Херцеговину.
Због неслагања са програмом и начином рада СДС-а, Додик формира Клуб независних посланика и тако постаје прва опозиција Караџићу. Клуб је дјеловао све ратно вријеме, до потписивања Дејтонског споразума и престанка рата у БиХ.
Одмах након рата, у јануару 1996. године покренута је иницијатива да Клуб прерасте у политичку странку, а 10. марта 1996. године на оснивачком Сабору конституишу се органи и Странка независних социјалдемократа почиње са радом. За првог предсједника странке изабран је Милорад Додик, а за генералног секретара Ненад Баштинац. Први задатак руководства је формирање општинских организација и припрема за изборе. До септембра 1996. године формирано је десетак општинских одбора СНСД: од Бање Луке, Лакташа, Српца, Градишке, преко Добоја до Пелагићева... СНСД на првим општим изборима наступа у оквиру коалиције Народни савез за слободан мир и осваја једно посланичко мјесто у Народној скупштини Републике Српске. На локалним изборима 1997. године Странка је побиједила у двије општине - Лакташима и Српцу, гдје успијева са коалиционим партнерима да формира локалну власт.
На драматичној сједници Народне скупштине РС 18. јануара 1998. године, на приједлог Биљане Плавшић, у атмосфери која је била бити или не бити за Републику Српску, Милорад Додик је изабран за Предсједника Владе Републике Српске. На општим изборима 1998. године СНСД већ осваја 6 мандата у Народној скупштини Републике Српске и тај раст се наставља до данас. Иако након ових избора СНСД није имао већину у НС РС, Милорад Додик је остао Предсједник Владе све до јануара 2001. године.
Од 2001. до почетка 2006. године СНСД дјелује као опозициона странка, и то вријеме је искориштено за јачање странке и њено омасовљавање. Док су се друге странке на политичкој сцени у Републици Српској цијепале, СНСД је била једина странка која је окупљала и расла. 1999. године већина чланова Социјал-либералне странке је пришла СНСД-у. СНСД-у су пришле и неке мање странке као што су Демократска странка за Бањалуку и Крајину (2000) и Нова радничка странка (2002). Највеће припајање је извршено 1. маја 2002. године када су се спојили Странка независних социјалдемократа и Демократска социјалистичка партија. Тада и настаје Савез независних социјалдемократа.
Почетком 2006. године, у веома тешко вријеме великих притисака на Републику Српску и покушаја реформи Устава и реформи полиције, Милорад Додик прихвата мандат за Предсједника Владе РС и по други пут сједа на премијерско мјесто. Општи избори у БиХ су одржани у октобру 2006. године и на њима СНСД, на крилима бирача који су жељели промјене, односи велику побједу. Додик и након избора остаје Премијер РС и на тој позицији био је све до краја 2010. године када је изабран за Предсједника Републике Српске. СНСД по први пут има и Предсједника Републике Српске и српског члана Предсједништва БиХ.
Након избора долази до великог омасовљавања странке. У периоду од 2006. до 2010. године број чланова СНСД-а се удвостручио и дошао до завидне цифре од 140.000. Локални избори 2008. године су наставак одличних резултата СНСД-а који је освојио 37 начелничких позиција у Републици Српској и 3 у Федерацији БиХ, и око 500 одборничких мандата у локалним скупштинама.
СНСД је и након општих избора 2010. године остао најјача странка у Републици Српској. У Народној скупштини РС има 37 посланика и члан је владајуће коалиције са Демократским народним савезом (ДНС) и Социјалистичком партијом (СП). У Представничком дому Парламентарне скупштине БиХ СНСД има 8 посланика. Са Српском демократском странком (СДС) потписан је Споразум о усаглашеном дјеловању у заједничким органима БиХ, тако да постоји српска већина у Парламенту БиХ.
Поред Предсједника Републике Српске, на изборима 2010. године и српски члан Предсједништва БиХ изабран је из редова СНСД-а. То је Небојша Радмановић, којем је то други мандат на овој позицији. Предсједник Народне скупштине РС је такође из СНСД-а - Игор Радојичић, као и Предсједник Владе Репувлике Српске- Жељка Цвијановић.
И након избора СНСД је наставио да расте, тако да у кампању за локалне изборе 2012. године улази као највећа и најорганизованија политичка странка у Републици Српској и БиХ. Посебно је евидентан раст броја младих што је гаранција дугорочног успјеха на политичкој сцени.
