Fundada em 30 de agosto de 1983 no município de Propriá/SE, teve sua razão social inicial como Associação dos Municípios do Baixo São Francisco, tendo sua I Alteração estatutária em 30 de dezembro de 2004, já tendo sua sede transferida para Cidade de Aracaju/SE, quando passou a chamar-se Associação dos Municípios do Baixo e do Vale do São Francisco. Em 24 de maio de 2010 passou a se chamar Federação dos Municípios do Estado de Sergipe, quando teve a II Alteração Estatutária. Um dos objetivos da entidade é congregar os Municípios federados num fórum permanente de debates acerca de todas as questões comuns, além de prestar serviços de natureza técnica especializada. As atividades desenvolvidas, sempre em união com as prefeituras associadas, têm ampliado e fortalecido as capacidades administrativa, econômica e social de cada município. Intermediando e interagindo a fim de viabilizar os objetivos das municipalidades, a FAMES vem alcançando diversas conquistas.
