O projeto, de 1873, foi elaborado pelo engenheiro e empreiteiro Guilherme Krug. Inicialmente a escola possuía um único bloco em dois pavimentos, com 4 salas de aula, ambientes administrativos, sanitários e biblioteca, sendo ampliado a partir de 1895 após a dissolução da associação que a mantinha, transformando-se em Ginásio de Campinas. O Colégio, inaugurado em 12 de outubro de 1874, como uma esco
la particular para meninos, foi constituído através de uma associação civil sem fins lucrativos, nomeada Sociedade Culto à Ciência, onde parte dos membros fazia parte da Loja Maçônica Independência. Composta pelos fazendeiros, comerciantes e intelectuais da cidade, dentre eles estavam: Antônio Pompeu de Camargo, Francisco Glicério, Campos Sales que mais tarde tornar-se-ia presidente do Brasil de 1898 a 1902, Jorge Krug, Joaquim Bonifácio do Amaral, o Visconde de Indaiatuba, Joaquim Egídio de Souza Aranha, o Marquês de Três Rios, Cândido Ferreira, e o Barão de Atibaia. O nome da escola reflete a influência do positivismo de seus fundadores. Em 1890 a escola passou por uma crise e teve de fechar as portas até 1896, quando foi reaberta em 1897 sob a égide do governo de São Paulo como Ginásio Estadual, tendo sido o primeiro instituto oficial de ensino secundário de Campinas e o segundo do Estado. Até 1964, quando uma controversa reforma educacional foi promovida pelo Regime Militar, o Colégio Culto à Ciência era uma escola igualitária e de alta qualidade, frequentada tanto pela elite econômica e pela classe média. Muitas dessas qualidades foram perdidas após a reforma, para a tristeza de seus muitos alunos. Atualmente a escola faz parte do sistema estadual de ensino, dentro da Secretaria de Educação do Estado de São Paulo.
