Logo após a promulgação da atual Constituição, que consagrou o direito dos servidores públicos à sindicalização, foi realizado no Rio de Janeiro, em novembro de 1988, o II Congresso Extraordinário da Associação Nacional de Docentes, ANDES, que transformou a entidade associativa em Sindicato Nacional dos Docentes das Instituições de Ensino Superior, ANDES-SN. As associações de docentes existentes e
m cada instituição e que eram filiadas à ANDES, passaram a gozar de prerrogativas sindicais, mas deveriam, como o fizeram nos anos que se seguiram, realizar assembleias para transformá-las em seções sindicais do novo sindicato nacional. O modelo de organização do ANDES-SN é sui generis. Trata-se de um sindicato nacional e não de uma federação de sindicatos locais, que se organiza nos locais de trabalho por meio de seções sindicais que gozam de autonomia política, administrativa, patrimonial e financeira (Art. 44, § 2º, do Estatuto). Há um único estatuto e cada seção sindical possui um regimento próprio. Isto significa que cada professor, ao se filiar a uma seção sindical, está se sindicalizando no sindicato nacional, passando a gozar dos direitos e deveres definidos pelo Estatuto do ANDES-SN e pelo Regimento da Seção Sindical de seu local de trabalho. A autonomia das seções sindicais, assegurada estatuariamente, possibilita, ao mesmo tempo, a realização da unidade sindical dos docentes em todo o país e o respeito à diversidade política, material e das condições de organização em cada instituição. Para efeito das demandas dos professores em relação a cada uma das instituições, a seção sindical é, na prática, um sindicato no local de trabalho. A Seção Sindical do ANDES-SN na UFSC constituiu-se em 6 de dezembro de 1990, por deliberação de Assembleia Geral Extraordinária e Permanente da Associação dos Professores da Universidade Federal de Santa Catarina, APUFSC, realizada de 22 de novembro de 1990 a 6 de dezembro de 1990, passando-se a chamar APUFSC – Seção Sindical, e sua homologação ocorreu no X Congresso do ANDES-SN, realizado em Curitiba, no dia 23 de fevereiro de 1991, e assim permaneceu até 29 de outubro de 2009, ocasião em que é constituído o Sindicato dos Professores das Universidades Federais de Santa Catarina, APUFSC – Sindical, desvinculando-se a APUFSC do ANDES-SN. Professores que ficaram inconformados com este ato de divisão em relação ao conjunto da categoria organizada nacionalmente no ANDES-SN, e que consideraram como sendo irregular a transformação de uma seção sindical, parte de um sindicato nacional, em ou outro sindicato, enviaram abaixo-assinado ao então Presidente do ANDES-SN, Prof. Ciro Teixeira Correia, no qual manifestaram disposição em permanecerem sindicalizados no ANDES-SN e, também, disposição para reorganizar a seção sindical na UFSC. Em atendimento a esta demanda, a Secretaria Regional Sul do ANDES-SN convocou os professores dispostos a reorganizar a Seção Sindical para uma Assembleia que foi realizada no dia 5 de novembro de 2009. Participaram setenta e três professores, que aprovaram, por unanimidade, a reorganização da Seção Sindical do ANDES-SN na UFSC, preencheram e assinaram as fichas de recadastramento e elegeram a Diretoria e o Conselho Fiscal
As duas primeiras assembleias da Seção Sindical do ANDES-SN na UFSC reorganizada, 3 de dezembro de 2009 e 25 de março de 2010, trataram do Regimento Geral. A primeira o aprovou e a segunda o ajustou, retirando do texto a sigla APUFSC. DEMOCRÁTICO E AUTÔNOMO
O ANDES-SN rompeu com a estrutura sindical autoritária implantada no Brasil na década de 30 e se consolidou pela organização de base nos locais de trabalho.
É uma entidade autônoma em relação a partidos políticos. Sua estrutura é formada pela Diretoria, diretorias regionais e seções sindicais. As seções sindicais possuem autonomia financeira, política, patrimonial e administrativa, com regimento geral e diretoria própria. Todas as decisões são deliberadas pela base, que elege democraticamente todos os dirigentes. O sindicato é mantido pela contribuição voluntária de seus sindicalizados, sem taxa sindical compulsória.
