Esse arraial foi formado no momento em que algumas pessoas se fixaram às margens do ribeirão Gonzaga e ali iniciaram atividades agropecuárias, até hoje base do sustento mundial. Essa pessoas, presumidamente, vieram da região de Datas, Serro, Itambé do Mato Dentro (Conceição do Mato Dentro), Porto de Guanhães (Senhora do Porto) e outros municípios. Conta-se que, ainda na segunda metade do século XI
X, as terras onde está instalado o município de Gonzaga pertenciam ao Sr. Joaquim Gonzaga, que provavelmente apossou-se dessas terras, acreditando que no local poderiam ser encontrados minerais preciosos, como ouro e diamantes. O então proprietário dessas terras nunca esteve presente no local, enviando, ainda nos primeiros anos da segunda metade do século XIX, seu homem de confiança, Antonio Dias, que recebeu de Joaquim Gonzaga a incumbência de desbravá-la e ocupá-la. No ano de 1981, o arraial foi elevado à categoria de distrito de São Miguel de Guanhães. Com o passar dos anos outras famílias chegaram e se fixaram definitivamente às margens do Ribeirão Gonzaga. Anos mais tarde, a Joaquim Gonzaga, coube a gloria da constituição do primeiro núcleo local. Ele doou anos mais tarde as terras à igreja (de Guanhães) em honra a São Sebastião, santo de devoção. Com isso, surgiu em (homenagem ao santo) o povoado de São Sebastião do Gonzaga, que, a partir de 1911, ainda como arraial, pertence ao município de Guanhães. Em 1923 com a criação do município de Virginópolis, São Sebastião do Gonzaga passa a integrá-lo, tendo a sua denominação mudada para Gonzaga de Guanhães (logo depois sem se encontrar uma data precisa, o nome do lugar reduz-se à Gonzaga). Mas como Virginópolis ainda não era comarca, o distrito continuou a pertencer à comarca de Guanhães. Em 1924, o distrito de Gonzaga desmembrou-se do município de Guanhães, passando a pertencer ao município de Virginópolis pelo disposto da Lei Estadual nº. 843, de 07 de setembro de 1923. Anos mais tarde no dia 30 de dezembro de 1962, o distrito foi elevado à categoria de município, pela lei nº 2.764, sendo instalado no dia 1º de março de 1963, quando ouve uma grande festa publica em comemoração ao evento.