Inaugurada em 08 de maio de 1992, a Seção Judiciária do Tocantins foi criada pela Lei nº 8.251/91e instalada em 25 de fevereiro de 1992, por meio da Portaria 01/92, do Tribunal Regional Federal da 1ª Região (TRF1). Os trabalhos tiveram início na data da inauguração, sob a titularidade do juiz federal João Batista Gomes Moreira, também designado para exercer a função de primeiro Diretor do Foro. No
dia 09 de abril de 1996 foi assinada a Resolução nº 08, do Tribunal Regional Federal da 1ª Região, declarando implantada a 2ª Vara da Seção Judiciária do Estado do Tocantins. Em 25 de abril de 1996, o juiz federal Marcelo Dolzany da Costa passou a responder pela titularidade plena da Seção Judiciária do Tocantins. Os Juizados Especiais Federais como Serviço Destacado foram instalados em 1º de abril de 2002, sob a responsabilidade da juíza federal substituta da 2ª Vara, Edna Márcia Silva Ramos. Em 22 de outubro de 2003, foi instituída a Turma Recursal do Juizado Especial Federal da Seção Judiciária do Tocantins, compostas pelos seguintes magistrados: Marcelo Velasco Nascimento Albernaz (presidente), Alderico Rocha Santos (membro-titular), Marcelo Eduardo Rossito Bassetto (membro-titular), Marcus Vinícius Reis Bastos (membro-suplente) e Rafael Paulo Soares Pinto (membro-suplente). No ano seguinte, em 12 de abril de 2004, foi inaugurado o Juizado Virtual da Seção Judiciária do Tocantins. Já em 18 de fevereiro de 2005, o Tocantins passou a contar com a 3ª Vara Federal, destinada ao Juizado Especial Federal (JEF), que funcionava como serviço destacado, desde 2002. À época, o juiz federal Wesley Wadim Passos Ferreira de Souza foi designado para responder pela titularidade da Vara e pela coordenação do JEF. Em 16 de novembro de 2010, foi instalada a Subseção Judiciária de Araguaína, em atendimento à Resolução nº 102, do Conselho da Justiça Federal e sob a titularidade do juiz federal Aníbal Magalhães da Cruz Matos. A Subseção de Araguaína é composta de Vara Única e atende mais de 50 municípios da Região Norte do Estado. Em 22 de junho de 2011, foi inaugurada a Subseção Judiciária de Gurupi, criada pela Lei 12.011, de 04 de agosto de 2009. A Subseção compõe-se de Vara Única, com competência geral e Juizado Especial Federal Adjunto cível e criminal. Os trabalhos tiveram início no dia 24 de junho de 2011, sob a titularidade do juiz federal Márcio José de Aguiar Barbosa, diretor da Subseção. Em 24 de junho de 2013, o presidente do Tribunal Regional da Primeira Região, desembargador federal Mário César Ribeiro e a diretora do foro da Seção Judiciária do Tocantins, juíza federal Denise Dias Dutra Drumond, inauguraram a 1ª etapa da nova sede da Justiça Federal, com 6 pavimentos. A obra foi iniciada em 2009 e contou com o apoio da bancada federal dos parlamentares do Tocantins (Deputados Federais e Senadores) para a destinação de recursos para a obra – cerca de 50% do total investido. A obra teve o custo total de 18 milhões de reais, aproximadamente. O Edifício, que possui uma área construída de 6.545,85m² (divididos em 6 pavimentos e subsolo com garagem privativa) abriga atualmente 2 Varas Federais, a Turma Recursal, a Diretoria do Foro e parte da estrutura administrativa do órgão. A 2ª etapa dessa obra contemplará mais 5 pavimentos tipo, para abrigar mais 5 Varas Federais. Também em 24 de junho de 2013, foi instalada a 4ª Vara Federal, especializada em matéria criminal com Juizado Especial Federal adjunto. Sob a titularidade do juiz federal Adelmar Aires Pimenta da Silva. Na ocasião, a unidade recebeu 942 ações penais que antes tramitavam em outras varas da Seção Judiciária. No dia 24 de novembro de 2014, o presidente do Tribunal Regional da Primeira Região, desembargador federal Cândido Ribeiro, o Coordenador dos Juizados Especiais da 1ª Região, desembargador federal Reynaldo da Fonseca e a diretora do foro da Seção Judiciária do Tocantins, juíza federal Denise Dias Dutra Drumond, instalaram a Turma Recursal Permanente, com a seguinte composição: juiz federal José Márcio da Silveira e Silva (1º relator e presidente da TR); Gabriel Brum Teixeira (2º relator) e Bruno César Bandeira Apolinário (3º relator). Na data da instalação, 3.876 processos tramitavam na Turma Recursal do Tocantins. Na mesma data, foi inaugurado também o Núcleo de Apoio ao Juizado Especial Federal. A estrutura, considerada inovadora na 1ª Região, proporcionou a convergência dos serviços num único espaço, garantindo mais conforto e comodidade aos usuários da Justiça Federal no Tocantins. Com uma área total de 191m², o Núcleo possui dois consultórios para perícias, uma sala de conciliação, um escritório modelo com atendimento de duas universidades e uma ampla e confortável sala de espera, com capacidade para 80 pessoas. A Seção Judiciária do Estado do Tocantins conta hoje em seus quadros com 11 juízes federais - nove titulares e dois substitutos, e com 160 servidores, em pleno exercício.
