A origem do AGCRJ remonta à época da refundação da cidade, por Mem de Sá, no morro do Castelo em 1567, quando foi constituído o Arquivo da Câmara Municipal. O órgão tinha como finalidade guardar a documentação gerada e acumulada pela Câmara, que, obedecendo à legislação portuguesa, desempenhava tanto funções legislativas quanto executivas na administração da “muito leal e heroica cidade do Rio de
Janeiro”. No século XVIII, com o crescimento da cidade, a Câmara Municipal passou a deliberar sobre uma gama mais vasta de assuntos, passando a produzir um número maior de documentos versando sobre temas diversificados. Entretanto, os vereadores determinaram que fossem feitas cópias dos documentos relativos à municipalidade, existentes em outros órgãos administrativos, e conseguiram reconstituir uma parte da documentação perdida, especialmente os registros de terras, que foram o alvo principal do incêndio, já que continham informações sobre a propriedade de terrenos e de imóveis, em várias regiões da cidade.
