Essa situação perdurou até por volta de 1750 quando foi assinado o Tratado de Madrid, quando esse território passou a pertencer a Portugal. Logo depois, em 1757, os jesuítas foram expulsos e essa região passou a ser governada por milicianos espanhóis. No ano de 1801 José Borges do Canto e Manoel dos Santos Pedroso reconquistaram novamente essa região, integrando-a definitivamente à área Rio-Grande
nse, sendo que antes fazia parte da Colônia do Sacramento. São José do Inhacorá pertenceu respectivamente aos seguintes municípios: Rio Pardo, até 1809, Cachoeira do Sul, até 1819, Cruz Alta, até 1834. Em 1843 passou a pertencer ao Município de Santo Ângelo. Em 16 de dezembro de 1954 começou a fazer parte do Município de Três de Maio, do qual se emancipou em 20 de março de 1992, conforme Lei Estadual nº 9592. Os primeiros moradores de São José do Inhacorá enfrentaram grandes dificuldades que iam desde o ataque dos animais selvagens e dos bandidos que fugiam de Santo Ângelo na Guerra entre Chimangos e Maragatos até as dificuldades na obtenção de sementes para o plantio de suas roças, assim denominadas as pequenas lavouras que abriam no meio das matas virgens. Enfrentavam também os índios guaranis que fugiram da Guerra do Chaco, entre Paraguai e Bolívia, que, aproximadamente 250 famílias aqui acamparam durante 03 meses para daqui saírem e irem formar um toldo no Município de Santo Augusto. Os primeiros moradores, de origem alemã na sua grande maioria, (famílias Ludwig, Willers, Jahn, Haupenthal, Marmitt, Auth, Müller e outras), começaram a chegar em São José do Inhacorá por volta de 1923. Já em 1936 surgiu a primeira escola e pela primeira vez veio um padre para rezar missa, proveniente do atual Município de Três Passos. As famílias eram muito dadas às lidas caseiras e tinham por costume visitar os vizinhos ao final de semana. Outros, levando dias de viagem, iam às Colônias Velhas rever parentes que lá haviam ficado. Um dos motivos que levou à ocupação das terras de São José do Inhacorá, segundo alguns moradores antigos relatam, era o medo de ocupar terras vermelhas, julgadas improdutivas. Assim, muitos, quase todos de origem alemã que persiste até hoje, ocuparam áreas próximas dos rios Inhacorá, Buricá e Lajeados, como o Restinga, o Itú, o Caramuru e o Jundiá. A religião é predominante católica, existindo confessores da religião evangélica na localidade de Mato Queimado. Fala-se ainda muito a língua alemã e dentro dela principalmente dois dialetos: O “Hunsrickich” e o “Pommerana”. Pela Lei Municipal nº 04/48, de 05 de outubro de 1948, São José do Inhacorá foi levado à categoria de Distrito, distante 16 Km da sede municipal, Três de Maio. Em 1992, pela Lei nº 9592, já mencionada, tornou-se Município, emancipando-se em 20 de março do Município de Três de Maio. No primeiro mandato o Prefeito foi Abílio Graef, coadjuvado pelo Vice-Prefeito Alceu Inácio Fernandes. No segundo mandato (1996-2000) o Prefeito foi José Mario Müller e o Vice-Prefeito Eliseu João Redel Schenkel. No terceiro mandato (2001-2004) o Prefeito foi Abílio Graef e Vice-Prefeito Alceu Inácio Fernandes. No quarto mandato (2005-2008), o Prefeito foi Abílio Graef e a Vice-Prefeita Marta Willers Dinkowski. No quinto mandato (2009-2012) o Prefeito foi Alexandre Vaz Ferreira e Vice-Prefeito Roque José Dill. A Gestão (2013-2016) foi de Eliseu João Redel Schenkel (Prefeito) e Roque José Dill (Vice-Prefeito). A Gestão (2017-2020) de Gilberto Pedro Hammes (Prefeito) e Eduardo Ludwig (Vice-Prefeito). E a atual Gestao (2021-2024) de Gilberto Pedro Hammes e Erasmo Luiz Fritzen.
É necessário salientar dentro da formação histórica do novo Município a participação comunitária, existente até hoje. Assim, na cidade as comunidades ergueram três escolas, sendo que uma ainda existe; um templo religioso; um hospital (com auxílio de capital estrangeiro e do governo brasileiro), com 36 leitos; um Centro Catequético, onde acontecem festas, casamentos, bailes, reuniões e palestras, uma canônica, moradia do padre vigário; uma casa para as irmãs da Congregação de São Francisco de Assis, encarregadas da administração do Hospital. No interior do Município, cada localidade tem sua capela, construída pelas próprias comunidades, sua escola, inicialmente aos cuidados das comunidades e depois transferida ao Poder Público e vários tem Centros Comunitários.
