A Secretaria da Justiça do Piauí foi criada pela Lei nº 3.869, de 13 de maio de 1983, com a competência de coordenar assuntos relacionados com o funcionamento das instituições, com a ordem jurídica e a assistência judiciária do Estado; administrar o sistema penitenciário; velar pela proteção dos direitos humanos; dentre outras atribuições. Pela Lei-Delegada nº 158, de 16 de junho de 1982, as atribuições conferidas à Procuradoria Geral da Justiça passaram para competência da Secretaria de Justiça, que dispõe sobre a organização da Assistência Judiciária do Estado. Em 8 de agosto de 1983, pelo Decreto nº 5.504, foi aprovado o Regulamento da Secretaria de Justiça. Nova reforma administrativa entra em vigor com a Lei nº 4.382, de 27 de março de 1991 e, a Secretaria de Justiça recebe nova denominação: Secretaria da Justiça e da Cidadania, com nova estrutura, incluindo mais dois órgãos colegiados, o Conselho Estadual de Entorpecentes e o Conselho de Defesa dos Direitos da Mulher. No ano de 2003, o governador do Estado, Wellington Dias, encaminhou, para a Assembléia Legislativa do Piauí, mensagem com Indicativo de Projeto de Lei Complementar, propondo a Reforma Administrativa do Estado, obtendo aprovação e implementando, assim, a Lei Complementar nº 28, de 09 de junho de 2003, que dispõe sobre a Lei Orgânica da Administração Pública do Estado do Piauí. A Secretaria da Justiça foi transformada em Secretaria da Justiça e de Direitos Humanos, com a finalidade de promover, manter, executar e acompanhar a política de Governo relacionada com a cidadania, o sistema penitenciário, os serviços prisionais e a proteção dos direitos humanos, competindo-lhe administrar o sistema penitenciário do Estado, desenvolvendo programas de ressocialização dos presos, dentre outras funções. A nova reforma ampliou a estrutura básica da Secretaria de Justiça, incluindo mais dois órgãos colegiados: o Conselho Estadual de Direitos Humanos e o Conselho da Comunidade, além de adequar toda administração prisional às determinações da Lei de Execução Penal, colocando, assim, a Secretaria dentro das atuais normas legais. A Lei Complementar nº 162, de 30 de dezembro de 2010, por sua vez, alterou dispositivos da Lei Complementar nº 28/ 2003, transferindo para a Secretaria de Assistência Social e Cidadania a competência pelas políticas de proteção dos direitos humanos, cabendo à Secretaria de Justiça as demais funções pré-estabelecidas pela composição orgânico-administrativa do Estado.
