El seu origen es proper en el temps, va ser el 28 de novembre de 1927 quan va aconseguir fer-se municipi independent de Traiguera. L'acta corresponent va ser signada en el seu moment pel llavors alcalde de San Rafael, Patrici Fonollosa i pels consellers Manel Balada, Ramon Beltrán Grau i Baptista Cervera Castell i el secretari F. En aquell any tenia una població de quasi 800 persones repartides en nombroses masies, que s'havien anat construint al temps que es van anar llaurant els antics terrenys coberts de matorral i es van plantar oliveres. Fins mitjans del segle XIX San Rafael no havia sigut sinó una masia més entre tantes, però en aquest segle, la producció d'oli d'oliva en el seu terme municipal va anar incrementant-se, fins aconseguir vint molins en plena producció en el moment de la seva independència de Traiguera. Encara que sigui una població relativament recient, en les seves cercanies s'han descobert vestigis del que va poder ser alguna posada o villa, construida al costat de la antiga Via Augusta. Després, la seva història quedaria enmarcada en la de Traiguera, poble construit al 1234 per Jaume I i entregada a l'ordre dles Hospitalaris al any seguent, va passar després a la de Montesa i així fins 1927, any en que es van dividir les seves jurisdiccions municipals.
