Namnet Helsingfors kommer från namnet på socknen Helsinge och Helsingån (nuvarande Vanda å) vid vars sista fors före havet staden grundades.[8] Förleden Helsing(e) i ortnamnet Helsingfors är omdiskuterad. En populär idé har att göra med hur hälsingar under 1200-talet bosatte sig vid Finska viken. En annan har att göra med att namnet kommer av flodens "hals" – det smala stället som utgjorde forsen.
Samma namnled återfinns i Hälsingland och Helsingborg som båda har anknytning till ett smalare havsområde. Helsingfors förkortas ofta H:fors. På finska heter Helsingfors Helsinki, vilket också sedan 1900-talet används på de flesta andra språk. Namnet kommer av Helsinge. På slang talar man om Stadi, vilket kommer från det svenska ordet stad. Speciellt utanför Helsingfors kallas staden för Hesa.[9] Stadi(n) och Hesa används också på finlandssvenska. På nordsamiska heter Helsingfors Helsset. Då Helsingfors blev Finlands huvudstad 1812 föreslogs att staden skulle byta namn till Alexandria, efter tsar Alexander I av Ryssland, men förslaget förföll[10].
