Πρόκειται για μια από τις αρχαιότερες Δημόσιες Βιβλιοθήκες στην Ελλάδα, της οποίας η αρχή ανάγεται στα μέσα του 17ου αιώνα (περίοδος βενετικής κυριαρχίας), οπότε λειτουργούσε ως Bιβλιοθήκη της Καθολικής Μονής Αγίας Ιουστίνης (Τάγ-ματος Φραγκισκανών Μοναχών), στο προάστιο Γαρίτσα.
Χαρακτηρίστηκε «δημόσια» από τους «δημοκρατικούς» Γάλλους (1797- 1799).
Μετά από πολλές μεταστεγάσεις προσαρτήθηκε σ
την Ιόνιο Ακαδημία (1825). Ανήκει στη μειοψηφία εκείνη των Ελληνικών Δημοσίων Βιβλιοθηκών που διαθέτουν παλαιές συλλογές δεδομένου ότι οι περισσότερες Δημόσιες Βιβλιοθήκες της χώρας ιδρύθηκαν μετά την ίδρυση του ελληνικού κράτους.
Στη διάρκεια όλων αυτών των χρόνων βρέθηκε στο επίκεντρο κοινωνικών αναταραχών, εχθροπραξιών, θρησκευτικών φανατισμών, με αποτέλεσμα σε αρκετές περιπτώσεις να παίξει ρόλο εξιλαστήριου θύματος και να υποστεί σοβαρές επιπτώσεις, μεταξύ των οποίων βιβλία που κάηκαν, δωρεές και κληροδοτήματα που χάθηκαν, όπως η συλλογή βιβλίων του Guilford ή το κληροδότημα Ναπ. Ζαμπέλη στο βαθμό που την αφορούσε.
Η συλλογή της περιελάμβανε σπάνιες εκδόσεις, χειρόγραφα καθώς επίσης μία συλλογή ορυκτών που είχαν δωρίσει οι αδελφοί Καποδίστρια.
Σημαντικά πρόσωπα ανέλαβαν κατά καιρούς τη διεύθυνση της Βιβλιοθήκης όπως ο Ιωάννης Μάρμορας, ο Εμμανουήλ Θεοτόκης, ο Μιχαήλ Τριβώλης- Πιέρης, ο Ανδρέας Παπαδόπουλος- Βρετός, ενώ στον ποιητή Ανδρέα Κάλβο ανέθεσε ο κόμης Guilford τη διεύθυνση του τμήματος χειρογράφων.
Στη διάρκεια των εχθροπραξιών που διαδραματίστηκαν στις 13 και 14 Σεπτεμβρίου του 1943 η Δημόσια Βιβλιοθήκη της Κέρκυρας καταστράφηκε από τις εμπρηστικές βόμβες των Γερμανών. Η ολοκληρωτική καταστροφή που υπέστη είχε ως αποτέλεσμα οι θησαυροί που καταγράφονται σε βιβλιογραφίες όπως των Γκίνη- Μέ-ξα ή του E.
