El municipio de El Estor fue fundado como una aldea del municipio de Livingston el 29 de octubre de 1886.9 En la misma se instituyó la plaza de Comisionado Político y Juez de Paz con dotación mensual de cuarenta pesos conforme al acuerdo gubernativo del gobierno del general Manuel Lisandro Barillas Bercián, considerando que, según le informó el Jefe Político de Lívingston, las aldeas de El Estor, Quebrada del Zute, Cahaboncito y Chachal se encontraban tan distantes y aisladas de la cabecera de aquel departamento. Todos esas aldeas, exceptuando El Estor, pasaron a jurisdicción departamental de Alta Verapaz por acuerdo gubernativo del 2 de noviembre de 1887.3 El Estor se elevó a categoría de municipio el 5 de noviembre de 1890, siempre durante el gobierno del general Barillas; se creó la municipalidad y se ratificó la creación de las plazas de Comisionado Político y Juez de Paz del municipio, con la dotación mensual de cuarenta pesos.3
Conforme al acuerdo del Ejecutivo del 20 de enero de 1940, el gobierno del general Jorge Ubico trasladó a El Estor al departamento de Alta Verapaz, lo que fue revertido por el gobierno de Juan José Arévalo tras el derrocamiento de Ubico por otro acuerdo Gubernativo del 5 de junio de 1945.3
No se ha podido establecer a la fecha, con base en documentos de la época el origen del nombre, aunque se supone que en el siglo pasado los comerciantes británicos Skinner y Klée, en su correspondencia en inglés, se referían a una bodega de mercancías que tenían en el lugar como «The Store» (el almacén) y que, con el transcurso del tiempo, los habitantes convirtieron la voz inglesa a la actual denominación en castellano.
