Su nombre primitivo fue "Surcagura" (Surcagua) que significa "Lugar de ranas".3
No se tiene datos exactos de fundación, aunque se sabe que es uno de los municipios más antiguos, los indígenas fueron los primeros pobladores allá por el año 1500, posteriormente los españoles trabajaron sus ricas minas, prueba de ello es la reliquia histórica que se encuentra en la iglesia “Cristo Señor de las Merce
des de Santa Lucía” que le obsequió el Rey Felipe II el 15 de enero de 1572, lo que consta en los libros respectivos; su creación como municipio fue el 12 de noviembre de 1820; del Departamento de Tegucigalpa. En 1943 el departamento de Tegucigalpa pasó a llamarse 'Francisco Morazán'. Wells, EXPLORACIONES Y AVENTURAS EN HONDURAS 1857, menciona: "Es Santa Lucia, poco más o menos 4.500 pies sobre el nivel del mar, vi un pequeño campo sembrado de patatas del cual en marzo se suplen varias familias de Tegucigalpa.""Mi Viejo amigo el señor Ferrari me había presionado a menudo a fin de que visitáramos su hacienda de caña, conocida con el nombre de "EL SITIO"... En las faldas de las montañas azuladas que nos rodeaban entre nubes podían verse varias parcelas cultivadas que mi compañero dijo eran trigales. Luego salimos a una garganta tapizada de verde donde Don José me señalo el primer molino de trigo que yo había visto en el país. Se hace trabajar activamente después de la cosecha. lo impulsan las aguas del rio Chiquito, que aquí desciende rápido, para unirse a el Río Grande en Tegucigalpa"... "Desde nuestro puesto tuvimos una esplendida vista de Santa Lucia, aldea pequeña pero graciosamente construida, emparrada con arboledas y adornada con una iglesia nítidamente blanca, las milpas y trigales se destacaban en las faldas de esta serranía"
