Sekolah ini pada mulanya sekolah swasta yang bernama SMA Pusponegoro 1. Semenjak tahun 2007 telah berubah status menjadi sekolah negeri dengan nama SMAN 3 Brebes. Sekolah ini dipimpin oleh Drs.H.Sri Wahono, M.Pd. Dengan dibantu oleh empat orang Wakil Kepala Sekolah, yaitu:
1. Wakil Kepala Bidang Kesiswaan : Drs.Endy Eros.
2. Wakil Kepala Bidang Kurikulum : Agung Prayitno, S.Pd
3. Wakil Kepala Bida
ng Sarana Prasarana : Prijatmodjo, S.Pd
4. Wakil Kepala Bidang Humas : Sadimin, S.Pd,S.Sos,S.IPem,M.Eng. Wakil Kepala Bidang Kesiswaan dibantu oleh 4 orang Pembina Osis, yaitu :
1. Riptono, S.Pd.
2. Sri I Efendi, S.Pd.
3. Teguh Aman Santosa, S.Pd.
4. Anny Saifyah, S.Pd
Adapun Pengurus Organisasi Siswa Intra Sekolah (OSIS) di SMA 3 Brebes
Ketua : Adi Setiawan (XI.IPS.2)
Wakil Ketua : Inka Apriliova (XI.IPA.4)
Sekretaris : M.Abdul Faozan (XI.IPA.1)
Wakil Sekretaris : Dona Aprilia Putri (XI.IPA.3)
Bendahara : Susi Novianti (XI.IPA.4)
Wakil Bendahara : Doni Angkustony (XI.IPA.1)
Wakil Kepala Bidang kurikulum dibantu oleh 2 orang asisten, yaitu :
1. Drs.Masrukhi.
2. Susiana Dalemiati, S.Pd. Sedangkan untuk wakil Kepala Bidang Sarana Prasarana dan Hubungan Masyarakat tidak ada pembantunya. Saat ini sekolah yang telah terakreditasi A ini sedang berbenah untuk meningkatkan mutu lulusan, diawali dari peningkatan sumber daya manusia (guru) yang sudah/sedang menuntut ilmu kejenjang S2 maupun S3. Serta pelaksanaan sertifikasi guru yang telah diikuti hampir semua guru negeri yang ada.
