La sede museale, è l'ex Convento dei Padri Cappuccini, realizzato tra il 1611 ed il 1613 sotto la reggenza di Padre Gregorio da Castrogiovanni. L'impianto architettonico originario, comprendente anche la chiesa dedicata a San Francesco è stato oggetto di un intervento di adeguamento nel 1984, quando fu adibito a sede museale. Si accede al museo dalla chiesa di San Francesco la cui navata è in part
e utilizzata come sala per le conferenze. Il museo illustra la storia di Morgantina dall'età del bronzo all'età romano-repubblicana. Il sito di Morgantina fu abitato fin dalla preistoria. I resti più antichi finora noti di un abitato sono stati ritrovati sul colle della Cittadella e risalgono al XIII secolo a. C., periodo in cui la zona centrale della Sicilia, secondo la tradizione storica, viene occupata dai Morgeti popolazione alla quale Morgantina deve probabilmente il nome. Sempre sullo stesso colle della Cittadella, a partire adl VII sec.a.C. si sviluppa un insediamento del quale sono stati messi in luce alcuni edifici pubblici che conservano notevoli esemplari di terrecotte architettoniche. questo abitato venne assediato e distrutto dai Siculi di Ducezio. Intorno alla metà del V secolo a.C. una nuova città sorge nella vicina Serra Orlando caratterizzata da un impianto urbanistico ortogonale tipico delle città greche di nuova fondazione. Nel III secolo, soprattutto durante il regno di Ierone, la città cresce in floridezza come si evince dai resti degli edifici monumentali di quell'epoca e dai ricchi corredi delle abitazioni. La risistemazione dell'agorà, dopo la distruzione del 211 a. C., e l'esistenza di edifici databili fino al 50 a. circa, documentano la fase romana della città che successivamente, in età romano-imperiale, subisce un progressivo abbandono. Sugli scavi, condotti sin dagli Anni Cinquanta dalla missione della Princeton University e poi della University of Virginia:
http://web.princeton.edu/sites/Archaeology/rp/morgexhibit/
http://morgantina.org/excavations/
Le collezioni. La raccolta dei materiali esposti proviene dagli scavi condotti, a partire dagli anni '50, dalla Missione delle Università di Princeton e Virginia e dalle Soprintendenze di Siracusa, Agrigento ed Enna. sale 1, 2 : introduttive con pannelli documentari e vista sul chiostro; sala dei pithoi
sale 3, 4: i santuari Nord e Sud e il santuario di C.da San Francesco Bisconti (degni di nota i busti votivi con decorazione policroma)
sala 5 : gli Acroliti
sala 6 : la dea
sala 7 : l’architettura pubblica (con la parziale ricostruzione della fontana monumentale)
sala 8 : le terme settentrionali (con ricostruzione grafica del fregio di Cibele)
sala 9 : gli Argenti della casa di Eupòlemos
sala 10 : l’insediamento preistorico e protostorico; Morgantina in età greca arcaica: l’abitato (da notare lo splendido cratere di Euthymides rinvenuto in un edificio probabilmente destinato al pubblico simposio) e le necropoli dai ricchissimi corredi. sale 11 -12 : Morgantina in età ellenistico-romana: l’abitato, gli edifici pubblici, i santuari, le necropoli, le monete.
