La chiesa del Santo Sepolcro era sede dell’Arciconfraternita del SS. Crocifisso e dell’Orazione o della Morte. Lo storico Giovanni Spano, sostiene che questa chiesa “era un tempo dei Templari, cioè vi esisteva qualche precettoria o commenda di quell’Ordine tanto celebre”. Studi recenti hanno accertato che già il Bonfant, storico seicentesco, sosteneva che la chiesa sarebbe sorta sopra un monastero
che fu dei Templari, a sua volta costruito sui ruderi di un monastero distrutto dai saraceni e risalente ai tempi del papa Gregorio Magno. La chiesa era proprietà della sopracitata Arciconfraternita, istituita con bolla del papa Giulio III nel 1564, ed estinta di fatto intorno al 1960. Il prestigioso sodalizio aveva come principale scopo statutario dare sepoltura religiosa ai morti indigenti della città, ma, in due cripte realizzate sotto l’area della chiesa, curava anche la sepoltura dei confratelli iscritti al sodalizio. Una prima cripta fu costruita alla fine del Seicento, insieme forse alla soprastante Ca****la della Pietà, riutilizzando una grotta naturale che potrebbe essere stata sede iniziale dell’Arciconfraternita. Qualche tempo dopo ne fu costruita una seconda sotto la navata e intercomunicante con la prima. Nella volta a botte di questa è grafitta l’immagine della morte secondo il clichè sei-settecentesco: la morte ha forma umana femminile, è rivestita con un ermellino, tiene nella mano destra una falce, sulla cui lama si legge il motto latino “Nemini parco” (”non risparmio alcuno”), mentre in quella sinistra stringe una clessidra alata. In seguito al decreto napoleonico che vietava le sepolture entro le chiese e nelle piazze antistanti la cripta fu spogliata di quanto l’arredava e riempita con tutto il materiale rimosso dal cimitero esterno antistante, anch’esso smantellato. I lavori realizzati dalla Parrocchia nel 2000 hanno consentito il ripristino delle cripte alla situazione precedente il decreto citato. Tra il materiale rinvenuto sono di particolare interesse e bellezza diversi tipi di “azulejos”, le famose piastrelle maiolicate seicentesche decorate a mano.