Secondo la tradizione la Casa della Misericordia, antico ospedale ed ente caritativo volto ad alleviare le sofferenze dei bisognosi, sorse nel 1250 su iniziativa del Beato Andrea Gallerani. Morto il Gallerani nel 1251, i suoi seguaci, che militavano sotto la regola de Frati Umiliati, continuarono nell’impegno caritativo sotto la guida di un Rettore. La prima menzione dell'Istituzione si trova in u
n verbale del Consiglio generale del Comune di Siena del 23 giugno 1251, che concesse ai "fratres Misericordiae" il riconoscimento del regime giuridico dei lasciti "ad pias causas" identico a quello degli ordini religiosi. Nel giugno del 1347 i fratelli della Casa della Misericordia ottennero dal Comune il riconoscimento ufficiale della festa del beato Andrea Gallerani. Pochi decenni dopo però la crisi dell’Istituzione richiese ripetuti interventi di sostegno da parte del Comune di Siena. Nel novembre del 1404 il Consiglio Generale propose la trasformazione dell'ospedale della Misericordia in ricovero per gli scolari dello Studio Senese. Finché nel 1408 l‘ordine dei Frati della Misericordia fu soppresso con Bolla di Papa Gregorio XII, ed i suoi beni furono dal Comune in parte trasferiti allo Spedale di S. Maria della Scala, ed in parte destinati al mantenimento della pubblica Università, compresa la sede da allora in poi chiamata "Casa della Sapienza". Antonio Abate, istituzione aritativa che avrà un ruolo fondamentale nella nascita della Misericordia moderna, con sede sotto le volte del Convento di S. Qui più tardi la Compagnia eresse anche un piccolo ospedale ed un oratorio dedicato alla Madonna della Stella, ovvero S. Maria della Misericordia; da qui il nome di Venerabile Compagnia di S. Maria della Misericordia in S. Antonio Abate. Il primo Statuto giunto fino a noi risale al 1526; del 1598 è quello del suo ospedale, mentre risale al 1715 la revisione statutaria completa. Ripristinata dopo le soppressioni leopoldine del 1784, la Compagnia di S. Antonio Abate operò fino ai primi decenni del secolo XIX, quando "sul declinare dell’anno del nostro Signor Gesù Cristo 1828 sorgeva nella mente di Giovanni Amidei, […] in quell’epoca priore della Compagnia […], il lodevole e bel pensiero di convertire quella Compagnia, da lui rappresentata, in Confraternita di Misericordia, sul piede medesimo delle altre, che nelle più cospicue città della nostra bella Toscana esistevano". Da questo momento inizia virtualmente il lungo processo che si concluderà nel 1835 con l’inizio ell’attività Confraternita di Misericordia di Siena, alla quale nel 1852 verrà attribuito il titolo di Arciconfraternita, con i relativi privilegi.
