Originalmente era una pequeña ínsula a la que los españoles llamaron Isla Valor. La isla estuvo despoblada por mucho tiempo. Fue usada solamente como lugar de abrigo para los navegantes durante la temporada de nortes y turbonadas. En el año de 1762, siendo gobernador del presidio don Bernardo Sáenz Montero, unos piratas se instalaron en ella. Habían atacado un bongo que procedía del Usumacinta con
mercancías y pasaje para Yucatán, les robaron todo lo que llevaban, después permanecieron en la isla estorbando la navegación. Don Bernardo, ante esa situación, envió un destacamento de hombres bien armados, en dos naves, que cayeron por sorpresa sobre los ladrones; éstos emprendieron la huída, pero la pequeña armada les dio alcance, recuperaron las mercancías y tomaron algunos prisioneros; de todo lo cual el gobernador dio aviso a algunas autoridades virreinales. Después de este hecho, el gobernador mandó construir un pequeño fuerte, así como una torre vigía, dotando a la vez al lugar de algunas fuerzas para el cuidado de la isla. Aquéllos fueron seguramente los primeros pobladores de Isla Aguada. Para el año 1824, al iniciarse la vida independiente del país, se nombró para Isla Aguada un juez auxiliar, que lo fue el señor José María Castro; durante la Guerra de Castas de Yucatán la población aumentó, pues muchas familias que habían ido a Sabancuy encontraron en Isla Aguada mejores condiciones para desarrollarse. La resolución presidencial que dotó de ejido al pueblo fue emitida el 25 de octubre de 1923. La Villa de Isla Aguada pertenece a Ciudad del Carmen. Es decir, es una elongación ejidal de la cabecera municipal.
