La Secretaría del Ayuntamiento de Morelia, se encarga de atender todos los asuntos del Gobierno interno, vigilar que todos los actos y resoluciones del Ayuntamiento se encuentren en estricto apego a la legalidad y dar seguimiento a los Acuerdo de las Sesiones de Cabildo. Así mismo, la Secretaría del Ayuntamiento para el desarrollo de sus atribuciones se apoya de las siguientes direcciones:
Ofici
na de Asuntos Internacionales. Dirección Municipal de Asuntos Interinstitucionales y de Cabildo. Dirección de Normatividad Municipal. Dirección de Transparencia y Acceso a la Información. Coordinación Municipal de Protección Civil y Bomberos. Dirección de Archivos. Dirección de Auxiliares de la Autoridad.