Atenco, nombre nahua, proviene de las radicales; atl, agua; tentli, orilla o labio, y co, en; significa "En la orilla del agua", llamada así por la cercanía a la laguna de Aljojuca.
Fundado por grupos nahuas en la época prehispánica. Creado municipio libre el 24 de septiembre 1932, con Localidades segregadas al municipio de Aljojuca. Anteriormente su territorio pertenecía al antiguo Distrito de Chalchicomula. La cabecera municipal es el pueblo de San Juan Atenco.
El municipio de San Juan Atenco se localiza en la parte centro este del estado de Puebla. Sus coordenadas geográficas son los paralelos 18º 59' 00" y 19º 06' 36" de latitud norte y los meridianos 97º 29' 00" y 97º 35' 36" de longitud occidental.
Colinda al norte con Aljojuca y San Nicolás Buenos Aires, al sur con Quecholac, al este con Ciudad Serdán, al oeste con Felipe Angeles.
Tiene una superficie de 96.36 kilómetros cuadrados que lo ubican en el lugar 68 con respecto a los demás municipios del estado.
El municipio se localiza en la región morfológica de los llanos de San Andrés, amplia superficie arenosa caracterizada por la enorme depresión volcánica-lacustre que forma; se extiende al pie de los contrafuertes occidentales del Citlaltépetl.
El relieve del municipio muestra en general una topografía plana, con un suave y regular descenso este-oeste, con una altura promedio de 2.200 metros sobre el nivel del mar.
La mayor parte del territorio municipal presenta zonas dedicadas a la Agricultura de temporal, sólo en las estribaciones del cerro el Brujo existe matorral desértico rosetófilo y en las estribaciones montañosas del suroeste, bosques de pino-encino con vegetación secundaria arbustiva, pastizal; cuenta con árboles frutales de manzana, capulín, pera y tejocote.
La fauna que existe en el municipio es ardilla, mapache, coyote, liebre, conejo de campo, zorrillo y aves silvestres.
El municipio esta conformado por tres localidades: San Jose Guerrero, Santa Cruz Coyotepec, Tres Cruces Ocotepec y la cabecera San Juan Atenco.
Gobierno: Actualmente el Honorable Ayuntamiento 2018-2021 es representado por el
Contador Público Francisco Alejandro Medina como presidente Municipal
C. ALFREDO GÓMEZ PÉREZ REGIDOR DE GOBERNACIÓN, JUSTICIA, SEGURIDAD PÚBLICA Y PROTECCIÓN CIVIL.
ING. JOSUÉ AQUINO TRUJILLO REGIDOR DE PATRIMONIO Y HACIENDA PÚBLICA MUNICIPAL.
C. NORMA NABOR SEDEÑO REGIDOR DE DESARROLLO URBANO, ECOLOGÍA, MEDIO AMBIENTE, OBRAS Y SERVICIOS PÚBLICOS.
C. JAVIER SÁNCHEZ DE PABLO REGIDOR DE INDUSTRIA, COMERCIO, AGRICULTURA Y GANADERÍA.
DRA. GLADYS DORYS PERALTA LOMELÍ REGIDOR DE SALUBRIDAD Y ASISTENCIA PÚBLICA.
C. ANA LILIA MAURICIO SEDEÑO REGIDOR DE EDUCACIÓN PÚBLICA Y ACTIVIDADES CULTURALES, DEPORTIVAS Y SOCIALES.
C. JORGE AVALOS PÉREZ REGIDOR DE GRUPOS VULNERABLES, PERSONAS CON DISCAPACIDAD Y JUVENTUD.
C. ULISES SEDEÑO REYES REGIDOR DE IGUALDAD DE GÉNERO.
C. MARICELA LARA ABURTO SÍNDICO MUNICIPAL.
C. JUDITH MEDINA VARGAS PRESIDENTA DEL SISTEMA MUNICIPAL DIF