Государственный природный заповедник «Даурский» создан 25 декабря 1987 г. Постановлением Совета Министров РСФСР № 514.
В 1992 г. Даурскому были переданы еще три малых участка в урочище Адон-Челон общей площадью 1038 га. Сегодня площадь Даурского заповедника составляет 49 764 га. Охранная зона составляет 173 201,3 га.
13 сентября 1994 г. Постановлением Правительства РФ № 1050 Торейские озера, вклю
чая территорию заповедника «Даурский», внесены в список водно-болотных угодий, имеющих международное значение главным образом в качестве местообитания водоплавающих птиц (Рамсарская конвенция).
9 марта 1994 года в подписано межправительственное соглашение о создании совместного российско-монгольско-китайского заповедника «Даурия» (DIPA в английской аббревиатуре), в состав которого вошли заповедники «Даурский» (Россия), «Монгол Дагуур» (Монголия) и «Далайнор» (Китай).
В марте 1997 года заповедник получил Сертификат Wetland International (руководящий орган по реализации Рамсарской конвенции) о включении его в Сеть журавлиных резерватов Северо-Восточной Азии.
В октябре 1997 г. заповедник «Даурский» включен в международную сеть биосферных резерватов по программе «Человек и биосфера» ЮНЕСКО.
В июле 2017 году на 41 сессии Комитета Всемирного наследия ЮНЕСКО в Кракове, Даурский заповедник, его охранная зона и часть заказника федерального значения «Долина дзерена» совместно с монгольской строго охраняемой территорией "Монгол Дагуур" и заказником «Угтам» включены в список объектов Всемирного природного наследия ЮНЕСКО (объект «Ландшафты Даурии»). .Общая площадь участка – 859,102 га, буферная зона вокруг него – 310,719 га.
