กระทรวงศึกษาธิการได้ได้มีการตราพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการ ในสำนักงานปลัดกระทรวงศึกษาธิการ พ.ศ. 2522 ลงวันที่ 8 พฤษภาคม พ.ศ. 2522 และได้ประกาศในราชกิจจานุเบกษา ลงวันที่ 14 พฤษภาคม พ.ศ. 2522 ให้จัดตั้งสถาบันพัฒนาผู้บริหารการศึกษาขึ้น เพื่อทำหน้าที่ในฐานะหน่วยงานฝึกอบรมของกระทรวงศึกษาธิการ ในการก่อตั้งครั้งแรกได้รับงบประมาณจากรัฐบาลเป็นเงิน 24.07 ล้านบาท และได้รับความช่วยเหลือจากธนาคารโลกในรูปเงินยืมเป็นเงิน 28.29 ล้านบาท มีจัดสร้างอาคารบนที่ดินจำนวน 49 ไร่ โดยพระเทพวรเวที (ซึ่งต่อมาได้รับพระราชทานสมณศักดิ์เป็นพระอุบาลีคุณูปมาจารย์) เจ้าอาวาสวัดไร่ขิง อำเภอสามพราน จังหวัดนครปฐม ในขณะนั้นได้อนุญาตให้ใช้ที่ดินของวัดเป็นสถานที่ตั้งของหน่วยงานโดยไม่คิดค่าตอบแทนสืบเนื่องมาจนถึงปัจจุบัน
ในระยะแรกสถาบันพัฒนาผู้บริหารการศึกษา ได้ดำเนินงานตามข้อผูกพันที่มีต่อธนาคารโลกควบคู่ไปกับการปฏิบัติงานตามแนวนโยบายและแผนพัฒนาผู้บริหารของกระทรวงศึกษาธิการ โดยมีทำหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการฝึกอบรมและพัฒนาผู้บริหารในสังกัดกระทรวงศึกษาธิการ ได้แก่ หลักสูตรเตรียมผู้บริหาร (Pre -Promotional Training) หลักสูตรพัฒนาผู้บริหารประจำการ (In-Service Training) หลักสูตรเฉพาะสาขาวิชา (Specialized Training) นอกจากนี้ยังจัดประชุมสัมมนาระดมความคิดเกี่ยวกับการบริหารการศึกษาตามความต้องการ ของกรมกองต่าง ๆ ทั้งภายในประเทศและต่างประเทศ
ในปี พ.ศ. 2542 มีการปฏิรูปการศึกษาตามแผนพัฒนาการศึกษาระยะที่ 8 (พ.ศ. 2540-2544) โดยพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติปี พ.ศ. 2542 แก้ไขเพิ่มเติม (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2545 มาตรา 52 ให้กระทรวงส่งเสริมให้มีระบบ กระบวนการผลิต การพัฒนาครู คณาจารย์ และบุคลากรทางการศึกษาให้มีคุณภาพและมาตรฐานที่เหมาะสมกับการเป็นวิชาชีพชั้นสูง โดยการกำกับและประสานให้สถาบันที่ทำหน้าที่ผลิตและพัฒนาครู คณาจารย์ รวมทั้งบุคลากรทางการศึกษาให้มีความพร้อมและมีความเข้มแข็งในการเตรียมบุคลากรใหม่และการพัฒนาบุคลากรประจำการอย่างต่อเนื่อง การปฏิรูปการศึกษาฯ ดังกล่าว ส่งผลให้สถาบันพัฒนาผู้บริหารการศึกษาต้องปรับเปลี่ยนบทบาทและภารกิจจากเดิมเป็นหน่วยงานที่ทำหน้าที่เป็นศูนย์กลางในการประสานงาน จัดทำนโยบายและแผนเพื่อการพัฒนาครู คณาจารย์ และบุคลากรทางการศึกษา ตลอดจนภารกิจอื่นที่ระบุไว้ในพระราชกฤษฎีกาตามราชกิจจานุเบกษา เล่ม 122 ตอนที่ 100 ก เรื่อง ประกาศกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการ สำนักงานปลัดกระทรวงศึกษาธิการ พ.ศ. 2548 ลงวันที่ 28 ตุลาคม พ.ศ. 2548
และปรับเปลี่ยนชื่อหน่วยงานใหม่ เป็น “สถาบันพัฒนาครู คณาจารย์และบุคลากรทางการศึกษา”