Sonra sırasıyla İskitler, Asurlular, İyonyalılar, Dorlar, Akalar, Persler, Hellenler, Seleykoslar, Romalılar, Selçuklular, Menteşeoğulları ve Osmanlılar yöreye hakim olmuştur. Köyceğiz'in tarihi ile ilgili ilk bilgileri tarihçi Herodot, Coğrafyacı Strabon ve İngiliz Arkeolog Hoskin vermektedir. M.Ö. 2000 yıllarında Yunanlılar ve Akaların deniz yolu ile Ege kıyılarına çıkmaları ile sahilde yeni kol
oniler kurulmuş, iç kısımlarda ise Karyalıların kolonileri ile gelişim sağlanmıştır. Böylece ilçe M.Ö. 1000 yıllarında oldukça iyi bir konuma gelmiştir. Köyceğiz Gölü'nün Akdeniz'le birleştiği yerde Kaunos şehri Karya'nın önemli limanlarından ve ticaret merkezlerinden biri olmuştur. Akrapol, ünlü mabetler ile Harab ve Susan Kaleleri önemli tarihi eserlerdir. Osmanlılar Döneminde ilçe Hurşit Paşa'nın Muğla Mutasarrıflığına getirildiği dönemde bugün bulunduğu yer olan Yüksekkum'a taşınmıştır (1884). İstiklal Savaşı'nda düşman saldırısına uğramış, 1919 yılı sonunda Tahirağa, Mehmet Zeki Osman Ağa ve Tevfik Bey'lerin öncülüğünde Kuva-i Milliye Teşkilatı kurularak yurt savunmasına dahil edilmiştir.Buranın Kuvai Milliye komutanı Dr Hikmet Kıvılcımlıdır. Köyceğiz adının nereden geldiğine gelince: Efsanelere göre Köyceğiz, gölün alanı üzerinde bulunan bir ovada kurulmuş. Bilinmeyen bir zamanda ovayı sular basmış. Felaketin seyrine gelenler gölün doğu kısmında kalan birkaç evi ve insanı görünce: "Bütün şehir batmış, sadece kıyıda bir Köyceğiz kalmış." demişler. Bugün hala gölün altında bir batık şehir olduğuna inanılır. Coğrafi Konum
Köyceğiz İlçesi, Akdeniz ve Ege Bölgeleri’nin birleştiği yerde, Muğla – Fethiye Karayolu’nun 60. km.’sinde, zengin doğal güzellikler ve narenciye bahçeleri içinde, sakin bir turistik beldedir. İlçe, adını aldığı Köyceğiz Gölü’nün kuzeyinde kurulu olup, 1.758 km² yüzölçümündedir.
İklimi
Köyceğiz'in kıyı kesiminde Akdeniz iklimi, dağlık bölgelerde ise Karasal iklim görülür. Türkiye'nin Rize' den sonra EN ÇOK yağış alan Köyceğiz'de kış yağmurlarının 2-3 ay sürdüğü görülmüştür. Nüfus
Merkez nüfusu 8.700 olan Köyceğiz’in toplam nüfusu 32.753’tür. İlçenin 2 beldesi ve 18 köyü bulunmaktadır. Ekonomisi
İlçe nüfusunun % 85’i köyde yaşamakta olup geçimini tarım, hayvancılık, ormancılık, turizm ile sağlamaktadır. İlçenin en büyük gelir kaynağı tarımdır. İlçede polikültür tarım yapılmakta olup, iklim ve coğrafi yapı birçok ürünün yetiştirilmesine elverişlidir.
İlçenin diğer bir geçim kaynağı, gezginci arıcılıktır. Köyceğiz Gölü ve gölü Akdeniz’e bağlayan Dalyan Boğazı’nda kefal balığı üretimi yapılmaktadır. Beyobası beldesinde alabalık tesisleri kurulu olup, üretimini sürdürmektedir.
İlçede 3 adet narenciye yıkama, mumlama, standardizasyon ve paketleme fabrikası kurulu olup, ihracatlar buradan yapılmaktadır. Ayrıca ilçenin adını taşıyan Köyceğiz Köyü’nde tarım alet ve makineleri üreten bir fabrika bulunmaktadır. Turizm
Köyceğiz Gölü ve gölün sahille birleştiği bölgede kurulan Karia’nın önemli limanlarından ve ticaret merkezlerinden Kaunos şehri ilçenin turizmdeki önemini arttırmaktadır. Ayrıca ilçenin Sultaniye Köyü’nde mevcut olan Sıcak-Soğuk Termal Kaplıcaları, sağlık turizmi bakımından önemli bir merkez teşkil etmektedir. Diğer taraftan Yayla Köyü ve kuzeyindeki Gökçeova, safari turizmi ile ilgi görmektedir. Çandır Köyü Horozlar mevkiinde çamur banyoları ve tesisleri bulunmaktadır. Köyçeğiz'in Akdeniz kıyısında bulunan köyü Ekincik Koyu, uzun plajı, nefis koyu ve yat limanıyla, su sörfü, su kayağı ve yüzme için elverişli yerlerden biridir.her gelenin eşsiz bir yer keşfettim dediği ekincik tatilde sessizliği,huzuru,güzel deniz ve ormanı arayanlar için ideal bir koydur. Köyceğiz Gölü, Dalyan Kanalı, kaplıca ve çamur banyoları, 10 km. uzaklıktaki 800 m. rakımlı Ağla Yaylası, Şelale, Yuvarlakçay görülmeye değer yerlerdir. Dalaman Çayı, rafting ve trekking için önemlidir. Ağla Yaylası için yayla turizmi çalışmaları sürdürülmekte olup ayrıca göl çevresinde, Köyceğiz-Dalyan arasında bisiklet parkuru için alt yapı çalışmaları yapılmaktadır. Köyceğiz Gölü’nün batısında Ölemez Dağı doğusunda Sultaniye Köyü sınırları içinde, kıyı boyunca çok sayıda termal kaynaklar vardır. Turizm ve Sağlık Bakanlığı’nca uzmanlara yaptırılan araştırma ve incelemeler sonucu çok sayıda ılıca-kaplıca ve içme kaynakları tespit edilmiştir. Bu termal kaynakların en önemlileri ve sağlık amaçlı olarak işletilenleri, Hasan Çavuş Ilıcası ve Kokar Girme denilen kaplıcalarıdır. Sultaniye Kaplıcaları’nın tarihi çok eskilere dayanmaktadır. Milattan önceki yüzyıllardan itibaren bir şifa yurdu olarak işletilmiştir. Roma, Bizans, Osmanlı ve Selçuklu döneminde halkın hizmetine sunulmuştur. Roma döneminde 400 hastaya aynı anda hizmet verecek kadar gelişmiş bir hastane durumundaydı. Kaynaklara göre, hastanenin girişinde “Tanrılar adına buraya ölüm giremez” diye yazılmıştır. Ölemez Dağı da adını kaplıcalardan almıştır...
