El museo fue erigido en el sitio conocido como el cerro “El Zamuro” donde estuvo ubicada la casa natal del General Rafael Urdaneta, la que fue derrumbada con motivo de la celebración centenaria del nacimiento del héroe en el año de 1888 durante el Gobierno de Alejandro Andrade, para ser construida la Escuela Urdaneta dedicada a la enseñanza primaria. Después, en 1930 el gobierno del Zulia, demo
lió esa edificación escolar y levantó un pequeño edificio para dispensario antituberculoso obra del ingeniero belga León Hoet, el cual permaneció en esas funciones hasta que el gobierno regional presidido por Don Luis Roncayolo modificó en parte el local, y decretó el 21 de Octubre de 1936, El Museo Histórico General Rafael Urdaneta, el cual alberga las piezas que constituían el antiguo Museo del Zulia, recibiendo además de ese legado una importante donación de los familiares del Gral. Urdaneta, integrada por objetos que estuvieron en contacto con el máximo Héroe del Zulia, así mismo instituciones y la colectividad en general fueron efectuando donativos de numerosas piezas de valor histórico y artístico. En el año 1945, el doctor Héctor Cuenca hizo modificar la fachada de su edificación con motivo de conmemorarse el centenario de la muerte del General Urdaneta, dando así un estilo neoclásico y con una apariencia exterior similar a la iglesia de la Magdalena, lugar donde se velaron los restos del General Urdaneta. Para el año 1987; con motivo de conmemorarse el bicentenario del natalicio del General Urdaneta, el museo fue sometido a algunos trabajos relativos a: restauración, climatización y remodelación. Para el año 1992, el Gobernador del Estado Zulia, Oswaldo Álvarez Paz, inaugura la primera etapa construida del proyecto de ampliación del edificio sede del Museo, elaborado por el arquitecto Philippo Fortuney, consiste en un módulo de unos 374,15 metros cuadrados de construcción, distribuidos en dos plantas, el proyecto se caracteriza por ser muy sencillo en su concepción, que lógicamente no contrasta ni compite con el edificio existente, Luego en 1997, el Gobernador del Estado Zulia, Francisco Arias Cárdenas, mediante Decreto Nº 196, declara el Museo Urdaneta, Monumento Histórico Cultural del Estado Zulia.
